Gengið er inn í kirkjuna um miðdyrnar að framanverðu.
Markúsarkirkja breytist að innan í sífellu eftir því, hvaðan birtan fellur á steinfellumyndirnar. Bezt er að skoða þær af kirkjusvölunum. Hvelfingin, sem sést bezt þaðan er Hvítasunnuhvelfingin með elztu steinfellumyndunum, frá 12. öld. Upprisuhvelfingin í kirkjumiðju er frá 13. öld.
Steinfellumyndirnar þekja samtals heila ekru. Þær eru líflegar og sýna samskipti fólks, greina kirkjuna frá hinum stirðnuðu býzönsku fyrirmyndum, þar sem hver persóna lifir í eigin heimi. Þannig marka þær upphaf þeirrar forustu, sem feneyskir listamenn tóku í málaralist Vesturlanda og héldu um nokkrar aldir.